KDV Kanunu’nun geçici 20/1. Maddesine göre, 4691 sayılı Teknoloji Geliştirme Bölgeleri Kanununa göre teknoloji geliştirme bölgesinde faaliyette bulunan girişimcilerin kazançlarının gelir veya kurumlar vergisinden istisna bulunduğu süre içinde münhasıran bu bölgelerde ürettikleri ve sistem yönetimi, veri yönetimi, iş uygulamaları, sektörel, internet, mobil ve askeri komuta kontrol uygulama yazılımı şeklindeki teslim ve hizmetleri KDV’den müstesnadır. İstisnanın usul ve esasları ile ilgili olarak 60 Sıra No.lu KDV Sirkülerinde açıklamalar yapılmıştır.
Diğer taraftan, konu ile ilgili olarak Maliye Bakanlığı; program ve lisans cinsleri itibariyle istisnadan faydalanabilecek bedele ilişkin olarak en az alt limit saptamaya, istisna uygulanacak yazılım programlarını tanımlamaya ve uygulamaya ilişkin ilke ve yöntemleri tespit etmeye yetkilidir.
YASA HÜKMÜNE GÖRE; Yasa hükmüne göre, teknoloji geliştirme bölgelerinde faaliyette bulunan bir şirketin veya gerçek kişinin:
1) Bölgede ürettiği “hastane bilgi yönetim sistemleri yazılımı program” satışı ile bu yazılıma yönelik güncelleme işi Kanunun geçici md. 20/1 hükmüne göre KDV ‘den istisna olacaktır. Güncelleme dışında bu yazılımla ilgili verilen bakım, destek (otomasyon) hizmetleri istisna kapsamında yer almamaktadır.
2) Bölgede ürettiği eğitim yazılımları Kanunun geçici md. 20/1 hükmüne göre KDV’den istisna olacaktır. Ancak, bu yazılımı teknoloji geliştirme bölgesinde faaliyette bulunan firmadan alan firmaların satışları genel hükümler çerçevesinde KDV’ye tabi tutulacaktır.
3) Kanunun geçici md. 20/1 hüküm kapsamındaki teslim veya hizmetleri KDV’den istisna olacak, web sitesi aracılığıyla verdiği reklam hizmeti ise bu kapsamda yer almadığından KDV’ye tabi tutulacaktır.
4) İşlevlerini yerine getirmek için yazılım kullanan ürün, aygıt, eşya vb. donanımlar ile bu donanımlara ilişkin hizmetler istisna kapsamına girmemektedir.
5) Bölgede ürettiği yazılımı farklı kişilere satması ya da satışın CD veya elektronik ortamda yapılması istisna uygulanmasına engel değildir. Ancak, bu yazılımın bayilerce satışında istisna uygulanmayacaktır.
6) Bölgede üretilen yazılımın Kanunun 11 ve 12. Maddeleri kapsamında ihraç edilmesi halinde, bu ihracata ilişkin yüklenilen KDV’nin kanunun 32. Maddesine göre indirim ve iade konusu yapılması mümkün bulunmaktadır (Bkz. KDV Kanunu Geçici Md. 20/2).