Seksenli yıllarda güçsüz ve istikrarsız bir Türkiye’nin Yunanistan’ın çıkarlarına uygun olduğu görüşü, sağ ya da sol frekansta olması fark etmeksizin, Yunan karar vericilerince kabul görüyordu. Türkiye’nin AB dışında tutulması da, PKK’ya verilen destek de bu dönem politikalarının ürünüdür. PKK’ya vurulan ağır darbe ve Suriye’nin terörist başı Öcalan’ı koruyamaz hale gelişi ardından ele geçirilmesi ile Yunanistan politikalarındaki değişim de eş zamanlı olmuştur. Öcalan’ın Yunan yetkililerce saklanması ile travma yaşayan Türkiye-Yunanistan ilişkileri, 17 Ağustos 1999’daki büyük Marmara depreminin yıkıcılığı ardından başlayan yakınlaşma süreciyle toparlanma ve yüzeye doğru çıkma dönemine girdi. Yunanistan da, Türkiye politikasında bu dönemde önemli bir değişikliğe gitmiştir. Artık husumetler üzerine kurgulanmış sürekli gerginlik politikası bir tarafa bırakılarak nispeten gerçekçi ve diyaloga dönük siyaset uygulama dönemi başlamıştır. Bunun anlamı Yunanistan’ın kuruluşundan bu yana süregelen tezlerinden vazgeçmesi değil hedeflere ulaşmada ve tezlerini geçerli kılmada izlediği politikalarda yöntem değişikliğine gitmesiydi. Yani hedefe dönük izlenecek yolun yeni bir strateji perspektifine oturulması söz konusuydu. Yunanistan bu konudaki en büyük değişimini Türkiye-AB ilişkilerindeki kötümser vetocu duruşunu, yapıcı veto uygulayıcısı şekline dönüştürerek sağladı. Bir yandan Türkiye’yi istemeyen ancak kara koyunun arkasına saklanan ülkeler açığa çıkmış oldu bir yandan da AB mekanizmalarının içine çekilmiş bir Türkiye’ye ilişkin bütün sorunlarında kendi çözümünü dayatma imkanı buldu. Simitis’in Aralık 1999 Helsinki Zirvesi ile uygulamaya başladığı “Yeni Türkiye Stratejisi” üç temele dayanıyor:[8]

1- Türkiye’nin AB yolu üzerindeki Yunan engelini kaldırıp Türk-Yunan sorunlarının AB çatısı altında çözülmesi için zemin hazırlamak.

2- Ege’de sorunları ve krizleri bir süre dondurup Ekonomik, Ticari ve Kültürel alandaki işbirliğine ağırlık vermek. Böylece daha sonrası için Ege sorunlarında ciddi bir müzakere ortamı yaratabilmek.

3- Kıbrıs sorununu da tümüyle AB şemsiyesi altına alarak çözmek.

Temelde, 1981 yılından itibaren üç dönem iktidara gelen Andreas Papandreu’nun Türkiye karşı yürüttüğü saldırgan tavrın ve yarattığı Türk tehdidi kavramının silinmesi ve Türkiye politikalarının daha çağdaş söylemler üzerine oturtulması hedeflenmiştir. Yani Türkiye politikası değil ancak Türkiye politikasındaki yöntem revize edilmiştir. Zaten husumet politikalarının bir parçası olmayan Türkiye’nin yeni dönemde yapıcı tavrını sürdürmesi de değişim isteyen Yunan liderlerinin işini kolaylaştırmıştır. Ne var ki, 1999’dan bu yana gerçek bir barış ortamından ziyade dondurulmuş bir iyileşme ortamının hakim olduğunu söylemek gerekir. Türkiye’nin AB ile müzakerelerinde Yunanistan’dan verilen destek de aslında değişen politik anlayışın bir sonucu idi. Yunanistan sadece düşmanca söylemlerden vazgeçti ancak uzlaşmaz ve sert tavrını da sürdürdü. Aslında mevcut sorunların AB perspektifine eklemlenmesi yeni stratejinin nedeni ve sonucudur. Nitekim Karamanlis, Türkiye’nin AB’ye girişine tam destek verdiğini açıklarken bu desteğin Rum Yönetimi’ni tüm Kıbrıs’ın temsilcisi olarak tanınması, Ek Protokol’ün uygulanması şartına bağlı olduğunu dile getiriyordu. Papandreu ise eski Dışişleri Bakanı Dora Bakoyanni’yi, belli kriterleri yerine getirmeyi reddeden Türkiye’nin AB üyelik hedefini durdurmaya yönelik veto yetkisinden Yunanistan adına feragat etmesi nedeniyle suçluyordu.